Em 2003, primeiro ano de mandato de Lula, o diplomata José Viegas Filho assumiu o cargo de ministro da Defesa. Filho permaneceu no cargo até 2004, quando foi sucedido pelo então vice-presidente, José Alencar, que chefiou a pasta até março de 2006 e foi sucedido pelo ex-governador da Bahia Waldir Pires.